室溫較高時，使用純水相或有機相比例較低時，流動相應臨用現配及時清洗吸濾頭以防吸濾頭堵塞。

定期檢查溶劑過濾頭，尤其是水及相似溶劑作為流動相時，細菌等微生物及其代謝產物容易沉淀堵塞濾頭。

所以定期更換溶劑，并在清潔溶劑瓶后重新裝入新的溶劑，必要時，更換新的溶劑濾頭。 

泵的易損件主要為單向閥、過濾白頭、柱塞桿、柱塞密封圈等，做好泵頭的維護，反相系統使用緩沖鹽時應使用seal wash清洗，如沒有自動后密封清洗系統，可以手動清洗，當使用正相系統時選擇適宜的溶劑清洗。

應注意有些品牌的后密封清洗系統的溶劑瓶是循環的，有些品牌是非循環利用的，對于循環式的后密封清洗系統應定期更換儲液瓶中的溶劑，避免溶劑中緩沖鹽濃度過高起不到清洗的作用，以及溶劑瓶中滋生微生物。對于非循環的溶劑瓶除了定期更換溶劑外還應注意，不要讓溶劑瓶中的溶劑跑空。

如果要使用了高濃度鹽類流動相（通常大不超過1moL/L），在后密封清洗系統沒有充分運行（大于5min）的情況下，嚴禁運行泵，否則將造成柱塞桿及柱塞密封的損壞。

泵的部件中有peek（聚醚醚酮）材質組件，在使用特殊溶劑時，peek材質的管線或其他部件會發生溶脹現象，建議更換耐受以上溶劑的不銹鋼備件或鈦或者MP35N等材質的備件。